Ngoài mấy lực lượng lớn còn có những thế lực nhỏ ở các địa phương. Một thế lực cát cứ khá quan trọng là Ô Kim hầu Lý Bát ở đất Ô Kim (Hoài Đưc,Hà tây) Ở Quy Hóa (miền Yên Bái,tuyên quang,dọc Sông Hồng) có họ Hà, cha truyền con nối cai trị đất trại này. Ngoài ra, còn họ Phạm ở Nam Sách cũng từng là môn sinh của Tô Hiến Thành. Khắp nơi trong nước vẫn trong tình trạng hỗn loạn.

Đầu năm 1214, Huệ Tông chạy đến hương Bình Hợp (xã Tam Hiệp, huyện Phúc Thọ, Hà Tây), Trần Tự Khánh được hào trưởng địa phương Đỗ Năng Tể giúp đỡ lấy lại Bình Hợp, rồi đem quân bao vây Thăng Long, đốt cung điện, phá nhà cửa. Huệ Tông phải dựng lều tranh để ở.

Đầu năm 1216, Huệ Tông lại lập Trần Thị Dung (trước bị giáng xuống làm Ngự nữ) làm Thuận Trinh Phu nhân. Đàm Thái hậu cho Trần Tự Khánh là kẻ phản trắc, thường chỉ vào Trần Thị Dung mà nói là bè đảng của giặc, bảo Huệ Tông đuổi bỏ đi; lại sai người nói với phu nhân bảo phải tự sát. Huệ Tông biết bèn ngăn lại. Đàm Thái hậu bỏ thuốc độc vào món ăn uống của phu nhân. Mỗi bữa ăn vua chia cho phu nhân một nửa và không lúc nào cho rời bên cạnh.

Tháng 4 năm 1216, các tướng ở Cảo Xã (Nhật Tảo, từ liêm,hà nội) là Đỗ Át, Đỗ Nhuế chống lại triều đình. Lý Huệ Tông dựa vào Lý Bát, sai Bát đánh lại, nhưng không thắng. Trước tình thế đó, Huệ Tông đành lại quay về nương nhờ anh em họ Trần.

Khi đó trong triều, Đàm Thái hậu ngày ngày muốn giết Trần Thị Dung, sai người cầm chén thuốc độc bắt phu nhân phải chết. Huệ Tông ngăn lại không cho, rồi đêm ấy cùng với phu nhân lẻn đi đến chỗ quân của Tự Khánh; gặp khi trời đã sáng, phải nghỉ lại ở nhà tướng quân Lê Mịch ở huyện Yên Duyên, gặp tướng của Tự Khánh là Vương Lê đem binh thuyền đến đón.

Huệ Tông bèn đỗ lại ở bãi Cửu Liên và truyền cho Tự Khánh đến chầu. Tự Khánh đón được Huệ Tông, bèn phế Nguyên vương mà mình từng đưa lên ngôi xuống làm Huệ Văn vương.

Tháng 12 năm 1216, Thuận Trinh Phu nhân Trần Thị Dung được phong làm Hoàng hậu. Từ lúc đó, anh em, thân thuộc họ Trần chiếm hết các chức văn võ quan trọng trong triều. Tự Khánh làm Phụ chính Thái úy, Trần Thừa làm Nội thị Phán thủ. Trần Thừa cho đúc vũ khí, dần dần chấn chỉnh lại quân đội.Sinh thuận thiên công chúa năm 1216

Tháng 3 năm Đinh Sửu (1217), vua phát điên, nhiều lúc tự xưng là Thiên tướng giáng trần, tay cầm giáo và mộc, cắm cờ nhỏ vào búi tóc và múa hát:

Ta đây là tướng nhà trời,

Hôm nay giáng thế cho người sợ oai.

Chính sự giao phó cả cho Trần Tự Khánh. Tự Khánh ra tay đánh dẹp các lực lượng cát cứ của Đỗ Bị, Lý Bát, Hà Cao. Đoàn Thượng thấy thế lực họ Trần mạnh, tạm quy hàng triều đình, được phong tước vương và vẫn giữ vùng Hồng châu.

Năm 1218 Trần thị Dung sinh công chúa chiêu thánh từ đây nhà Lý không có con trai.Nhà trần bắt đầu lên kế hoạch soái ngôi đoạt vị mà người làm giặc chính là mẹ nàng.

Năm 1223,Đệ nhất gian hùng Trần Tự Khánh chết vì đi sai 1 nước cờ bị Trần thừa và Trần thủ độ âm chết trong yên lặng, quyền lực lại rơi vào tay em họ Tự Khánh là đệ nhất gian thần Trần Thủ Độ. Anh Tự Khánh là Trần Thừa được phong là Phụ quốc Thái úy.

Năm 1224, bệnh vua càng nặng hơn. Vua đem chia cả nước làm 24 lộ, chia cho các công chúa, lại phong Trần thủ độ làm Điện tiền Chỉ huy sứ. Đến tháng 10, dưới sức ép của Trần Thủ Độ, ông chính thức nhường ngôi lại cho con gái là công chúa Chiêu Thánh mới lên 7 tuổi, tức là chiêu hoàng. Huệ Tông lên làm Thái thượng hoàng và đi tu ở , lấy pháp danh là Huệ Quang Đại sư.

Năm 1226, Trần Thủ Độ sợ lòng dân nhớ vua cũ, bèn chuyển Huệ Quang vào chùa Chân Giáo.

Một lần Thủ Độ thấy Huệ Tông nhổ cỏ ở vườn, Thủ Độ nói:

Nhổ cỏ phải nhổ cả rễ sâu.

Huệ Tông nói:

Điều ngươi nói, ta hiểu rồi.

Sau đó, ông tự tử ở sau vườn, trước khi chết còn khấn:

Thiên hạ nhà ta đã vào tay ngươi, ngươi lại còn giết ta, ngày nay ta chết, đến khi thác con cháu ngươi cũng sẽ bị như thế.

Lý Hạo Sảm mất ngày mồng 10 tháng 8 năm (tức ngày năm ), thọ 33 tuổi, làm vua 14 năm, đi tu 2 năm. Thủ Độ cho hỏa táng xác ông, chứa xương vào tháp chùa Bảo Quang, tôn miếu hiệu là Huệ Tông.

Trước khi chết của ông sau này đã ứng nghiệm, Hồ quý Ly giết hại nhiều tôn thất nhà Trần lật gấp 10 tông thất nhà Lý, sau rồi soán ngôi và lập ra Hồ từ đây thành Họ trần có công nhất thời tội nhân của giang sơn từ đó về sau vì nhà trần dám phong cấm long mạch lần nữa.

Chứng điên khùng của Lý Huệ Tông thực ra xuất phát từ sự phẫn uất, ức chế và bất lực mà nghiện rượu nặng của ông trước thời cuộc khi chứng kiến cơ nghiệp dòng họ dần dần bị thôn tính mà không làm gì được.

Một mặt ra lệnh các quan ủng hộ họ Trần, mặt khác vẫn ngầm liên minh các sứ quân khác để chống họ Trần, điều đó chứng tỏ Huệ Tông cũng có toan tính "hai mặt" của một nhà chính trị chứ không phải là người ngây ngô, đần độn như nhà Tấn Tư Mã Trung. Tới khi làm sư Huệ Quang, ông vẫn hoàn toàn tỉnh táo.

Nghe Trần Thủ Độ nói chuyện nhổ cỏ tận gốc, rõ ràng ông nhận thức được thâm ý độc ác của quyền thần; bởi nếu là người thực sự bị tâm thần thì sẽ không thể nào hiểu được, có lẽ sẽ dốc sức cắm cúi nhổ cho được cái rễ cỏ mà thôi.

Chứng điên khùng của Huệ Tông phần chứng say rượu do phẫn uất, phần do phe cánh họ Trần nói vu ra cho nặng thêm để người ngoài nghĩ rằng vua không còn đủ "năng lực hành vi" để trị quốc.

Thực ra sử sách không ghi có 1 đội quân bí mật bảo vệ thuận thiên và chiêu thánh,nếu kẻ nào hại họ sẽ giết sạch họ Trần đội quân này trung thành với nhà Lý do Hạo Sảm lập che giấu lúc trốn khỏi Thăng Long.Huống gì sau lưng nhà Lý có cao nhân truyền thừa năm đó Lý thái tổ biết cái ý nghĩa 2 câu chữ cảnh báo nhà Lý mất ngôi thiên ý nhưng Lý thái tổ còn gặp đáng sợ hơn thiên ý là Thiên đạo .

Mặc dù muốn triều đại dài nhưng vẫn thuận theo số mệnh,vì nhà Lý nghe thiên đạo chỉ cần nữ đế.Sau này thiên địa hạo kiếp lên các tiền hiền phải rời đi cổ chiến trường chống kẻ thù cuối cùng để nữ đế nhỏ bé chịu ủy khuất 1 đời lúc trở về đã là mấy trăm năm sau.

May Thánh tôn chuyển thế làm người tình cờ thấy đền chiêu hoàng hiu quạnh.Người con gái nhỏ bé đó công cao tái thế mà không mấy người viếng mới nổi giận nhờ thiên đạo tra xét đến thiên đạo cũng nổi giận.

Quay lại với nàng công chúa nhỏ nào sau vài năm làm hoàng hậu từ cô bé 8 tuổi năm đó này đã 14 tuổi thiếu nữ xao động đầu đời quyết định trao trái tim mình và đời con gái cho trần cảnh.Đây là lần đầu cũng là lần cuối của nàng từ đó về sau nàng sống trong bi thương.Suốt những năm làm hoàng hậu từ 1 cô bé nghịch ngợm đã chín chắn lên nhiều

Chiêu hoàng tháp hương tế cha rồi chốn sau lưng tượng Phât.Trần cảnh bắt đầu biểu diễn dùng lời ngon ngọt để nàng không có sự phòng bị gì cả suốt 10 năm qua từ lúc nàng gặp hắn hắn đã lừa gạt nàng và đến khi 19 tuổi nàng mới biết

Nàng miệng cọp gan thỏ nói không khóc,hoàng hậu cũng không khóc...trần cảnh tái mặt nói đó là phụ thân nàng mà sao không buồn.Phụ thân ta đâu có thế trước đây ta toàn chơi đùa với cùng nữ thái giám còn khi ốm hoàng mẫu với thái y

Cuối cùng nàng công chúa nhỏ dưới lời ngon ngọt an ủi mà sa vào lười tình còn bên ngoài đang lưu truyền lời của cha nàng trước kia chết và sẽ ứng nghiệm thôi.Nhà trần lợi dụng việc này vụ oan cho tông tộc họ Lý mà tàn sát oán khí ngập trời.

Một nơi khác đồ sơn thanh hóa,đô đốc hải quân Lý long Tường nhận được tin triều đình giết hại tông tộc nhà Lý lén lên Kinh thành rồi trở về đem 6000 gia thuộc sang cao ly và định cư đến ngày nay

Đêm đó trần thừa nói với trần thị dung gả cho thủ độ và để giám sát,Hắn không tin tưởng Thủ độ nên cần thị dung bên cạnh nhưng thị dung không đồng ý.Tháng 8/1226 giáng thái hậu làm công chúa thiên cực ban hôn với thủ độ

Cung trường xuân

Thái hậu dặn dò chiêu thánh trước khi rời cung và nói: Thiên Hinh là ta trước nay mải mê quyền lực ít quan tâm dạy bảo con để con tùy hứng mà cuộc sống trong cung vốn đâu dễ dàng ta chỉ có mấy lời khuyên con,con phải nhớ không được trao hết tình cảm cho bệ hạ,trái tim đế vương là thứ dễ đổi thay.Con là đứa sống tình cảm ta sợ con sẽ đau lòng nhớ kĩ lời ta

Nàng thông minh vậy nghe hiểu chứ nhưng đang tuổi phản nghịch,thêm lòng xao xuyến thiếu nữ đầu đời tương lai nàng sẽ thấm đầy máu vì đã chứng minh lời nói của mẹ mình

Tháng 9/1226 Thiên cực công chúa lấy trần thủ độ

Tháng 10/1226 Hoàng đế tôn trần thừa là thượng hoàng và mẹ làm hoàng thái hậu

Nàng vẫn còn chưa biết sợ là gì.Nhũ mẫu nói: Chốn hoàng cung này không được thật lòng với tất cả mọi người,ai tốt với ta cũng phải đề phòng mới được

Một hôm bệ hạ phát bệnh chiêu hoàng chăm sóc

Đố đốc Lý long tường sang cao ly để trống nên cử Phùng tá chu trấn giữ,nhà trần cho đúc lại tiền đồng tiền cũ hủy bỏ nên cử người giám sát quan lại tham ô

Thủ độ thấy hoàng thượng như con gái nên bắt đầu huấn luyện võ thuật,2 năm sau chiêu hoàng thấy cơ múi của Trần cảnh mà rung động xao xuyến

Những tháng làm hoàng hậu chiêu hoàng thay đổi nhiều sau khi học được nhiều đau khổ mà bị thái hậu đánh đầy mình

Thủ độ cho hoàng thượng đứng trên trường thành nhìn giang sơn hoàng thượng run như cầy cũng vì thế sau đó huấn luyện chiến đấu cho hoàng thượng

4 năm sau năm 1230 trần cảnh chiêu hoàng 13 tuổi(12 tuổi bây giờ) trở thành thiếu nam thiếu nữ