Sau đại trận chiến với Siren và Orochi, Eagle Union, Royal Navy, Iron Blood và Sakura Empire đã một lần nữa hợp liên minh lại với nhau để bảo vệ thế giới và con người. Nhưng khi các shipgirl sống trong hòa bình chưa được bao lâu, họ lại phải một lần nữa đối mặt với đại hiểm họa diệt vong từ Siren....