Sau cơn mưa trời lại sáng, sau mỗi cuộc chiến lại là một khởi đầu mới và trong câu chuyện này cũng thế, sau hai Cuộc chiến Chén thánh thứ tư và thứ năm, trong mỗi con người dù tham gia trực tiếp hay bị ảnh hưởng cũng có lưu lại một kỉ niệm đen tối nhất định. Tuy nhiên, ở thế giới này, những kí ức ấy chỉ còn là những mảng kí ức vỡ vụn khi mọi người được sống và sống hạnh phúc bên nhau Một ngày nọ, sự xuất hiện của Đại Chén Thánh được loan báo và cuộc sống yên bình tại thành phố Fuyuki nhanh chóng bị đảo lộn. Mưu mô, chiến lược, giết chóc. Ai sẽ là người đạt được Đại Chén Thánh?